В 1998 году, к празднованию 200-летия академии, был восстановлен созданный в 1808 году по указу Александра I институт почетных докторов и академиков Военно-медицинской академии. Академиками и членами-корреспондентами академии в современной истории избраны:

Академики:

ЕРЮХИН Игорь Александрович

1999

ЗЕЛЕНИН Кирилл Николаевич

1999

НОВИКОВ Василий Семенович

1999

СОФРОНОВ Генрих Александрович

1999

ШЕВЧЕНКО Юрий Леонидович

1999

ЗУБАРЕВ Пётр Николаевич

2000

ГАЙДАР Борис Всеволодович

2001

ЛОБЗИН Юрий Владимирович

2002

ОДИНАК Мирослав Михайлович

2002

ГОФМАН Виктор Робертович

2003

МАЙСТРЕНКО Николай Анатольевич

2003

ШАПОВАЛОВ Владимир Михайлович

2004

ГАЙВОРОНСКИЙ Иван Васильевич

2007

ЗОРИН Александр Борисович

2008

ПАРФЕНОВ Валерий Евгеньевич

2008

ШАБАЛОВ Николай Петрович

2014

Члены-корреспонденты:

БИСЕНКОВ Леонид Николаевич

1999

МАТВЕЕВ Сергей Анатольевич

1999

ШУСТОВ Сергей Борисович

2000

ЧЕРЕМИСИН Владимир Максимович

2002

ПОЛУШИН Юрий Сергеевич

2004

САМЦОВ Алексей Викторович

2007

БОЙКО Эрнест Витальевич

2008

ХУБУЛАВА Геннадий Григорьевич

2008

ПОНОМАРЕНКО Геннадий Николаевич

2012

ЦЫГАН Василий Николаевич

2012

САМОХВАЛОВ Игорь Маркеллович

2014