Официальным днем учреждения академии считается 18 (29) декабря 1798 г., когда императором Павлом I был подписан указ «об …устроении при главных госпиталях особого здания для врачебного училища и учебных театров». Предыстория этого события уходит в начало XVIII века, когда в ходе строительства Санкт-Петербурга Петр I принял участие в закладке в 1715 г. на Выборгской стороне Адмиралтейского госпиталя. Позже в 1717 г. рядом с ним был заложен и Сухопутный госпиталь. С 1773 г. при них были открыты учебные хирургические школы, которые в 1786 г. объединили в Главное врачебное училище, готовившее лекарей для армии и флота России. Инициатором рождения академии стал главный директор Медицинской коллегии барон А.И. Васильев, представивший императору специальный доклад, в котором убедительно обосновал необходимость создания Медико-хирургического училища, как центра подготовки квалифицированных медицинских кадров. Вскоре училище было переименованного в Медико-хирургическую академию, а в 1808 г. Александр I даёт ей право именоваться Императорской

Наряду с медицинским академия положила начало также высшему ветеринарному и фармацевтическому образованию. Она стала первым и главным в России научным, учебным и лечебным центром, где издаются первые русские оригинальные медицинские учебники и где стали готовить профессоров для медицинских факультетов российских университетов.

С 1808 по 1838 годы академией руководил выходец из Шотландии, выдающийся военный врач и организатор медицинского дела Я.В. Виллие. Всю свою жизнь он отдал становлению военной медицины в России, 50 лет был главным медицинским инспектором Русской армии.

С 1841 по 1856 в стенах академии трудился великий русский хирург Н.И. Пирогов, ознаменовавший собой целую эпоху в развитии медицинской науки, практики и образования. Он разработал научные основы военно-полевой хирургии, наметил пути решения многих организационных вопросов военной медицины, реформировал подготовку врачей в стране. Впервые в мире им был применен на поле боя эфирный наркоз, гипсовая повязка и привлечены к уходу за ранеными сестры милосердия.

В истории академии есть период, который не без гордости называют «золотым веком» и связывают его с именем П.А. Дубовицкого, назначенного на должность президента академии императором Александром II в 1857 г. За десять лет своей деятельности он осуществил программу переустройства академии, основным содержанием которого было развитие материальной базы, ремонт имевшихся и строительство новых зданий для кафедр и клиник, создание новых лечебных корпусов. Впервые в стране были созданы кафедры и клиники гинекологии, психиатрии, офтальмологии, оперативной хирургии, педиатрии, отоларингологии и другие. Им создан «Врачебный институт», ставший прообразом адъюнктуры. Учредив в 1872 г. «Особый медицинский курс для образования ученых акушерок», академия стала первой в России и ряде стран мира инициатором становления высшего женского образования в целом и женского медицинского образования в частности.

Он привлек к работе в академии известных ученых и педагогов, подготовил и воспитал плеяду молодых и талантливых ученых, составивших в дальнейшем ее славу и гордость. Основоположник отечественной физиологии И.М. Сеченов дал научное обоснование рефлексов головного мозга. Труды С.П. Боткина открыли новый этап в развитии клинической медицины. Им была создана крупнейшая терапевтическая школа, в том числе первая в России кафедра военно-полевой терапии, введены в практику лабораторные методы исследования. Он добился строительства бесплатной больницы для бедных, ныне названной его именем.

Академик И.П. Павлов стал одним из первых в мире лауреатов Нобелевской премии в области медицины. Своими классическими исследованиями в области физиологии пищеварения, кровообращения и высшей нервной деятельности он совершил переворот в физиологии. Его учение об условных рефлексах, двух сигнальных системах является великим вкладом в мировую науку.

В.М. Бехтерев, выдающийся психолог, невролог и психиатр, стал организатором психиатрической службы в России, основателем психотерапии.

Молодой хирург Н.С. Коротков обессмертил свое имя открытием метода измерения кровяного давления.

Выдающийся русский физик В.В. Петров, прямой продолжатель работ М.В. Ломоносова, первым в мире открыл закон превращения электрической энергии в световую.

Профессор Н.Н. Зинин стал основателем русской химической школы. В его лаборатории долгое время работал А. Нобель, впоследствии продолживший эксперименты своего учителя, которые реализовались в изобретение динамита. А. Нобель известен также как учредитель самой престижной научной премии, названной в честь него. Другим учеником Н.Н. Зинина был профессор А.П. Бородин, снискавший всеобщее уважение не только как блестящий лектор и ученый-химик, но и как автор известной оперы «Князь Игорь» и других музыкальных произведений. Впрочем, музыку он считал лишь хобби, отвлекающим его от серьезных занятий химией.

Царское правительство, недовольное духом свободомыслия и эмансипации в обществе после победы в Отечественной войне 1812 г. и особенно после поражения в Крымской войне 1853-1856 гг. принимает решение о большей военизации быта и учебного процесса и переименовании академии в Военно-медицинскую (1881 г.) В соответствии с новыми Положением об академии она была обязана готовить медицинских врачей и хирургов исключительно для нужд военного и морского ведомств. Из ее структуры исключались ветеринарное и фармацевтическое отделения.

В годы Русско-Турецкой войны (1877-1878 г.г.) профессор С.П. Коломнин впервые в мире в полевых условиях применил переливание крови. Хирург Н.В. Склифосовский активно внедрял применение асептики и антисептики в полевых условиях. По итогам этой войны Н.И. Пирогов издает один из знаменитейших своих научных трудов – «Военно-врачебное дело и частная помощь на театре войны в Болгарии и в тылу действующей армии в 1877–1878 гг.», где формулирует основные положения как военно-полевой хирургии, так и организации медицинского обеспечения войск, которые впоследствии легли в основу современной военно-медицинской доктрины.

В войне с Японией 1904-1905 г.г. впервые в русской армии для диагностики по инициативе Н.А. Вельяминова стали применяться рентгеновские аппараты. Свой вклад в разработку новых методов хирургических вмешательств разработал главный хирург Маньчжурской армии Р.Р. Вреден.

Первая мировая война отличалась особой ожесточенностью, применением новых средств вооруженной борьбы, массовыми эпидемиями. В разработке проблем военной гигиены приняли участие профессора академии А.П. Доброславин, С.В. Шидловский, В.А. Левашов. Дальнейшему развитию военно-полевой хирургии способствовали работы В.А. Ратимова, Г.И. Турнера, В.А. Оппеля. В 1915 г. профессор В.А. Оппель предложил систему этапного лечения раненых.

После революции 1917 г. часть профессорско-преподавательского состава поддержала новую власть и продолжала работу в академии, среди них И.П. Павлов, В.Н. Тонков, возглавлявший академию с 1917 по 1925 годы, Г.В. Хлопин, В.А. Оппель, С.С. Гирголав, В.Н. Шевкуненко, С.П. Федоров. Они выезжали на фронты Гражданской войны, возглавляли медико-санитарные службы армий и фронтов, продолжали работать на кафедрах и в клиниках в самых трудных условиях разрухи и голода. На фронтах свирепствовали сыпной и брюшной тиф, холера.

С начала 20-х годов XX в. в академии начинает уделяться особое внимание преподаванию специальных военно-медицинских дисциплин. С 1923 г. начинают преподаваться организационно-тактические военно-санитарные дисциплины (П.И. Тимофеевский), военные дисциплины (А.А. Незнамов). В 1922 г. Н.А. Ивановым создаётся курс военной гигиены.

Продолжается активная лечебная работа: за 1917-1927 гг. выполнено около 46 тысяч операций, треть которых – высокой степени сложности. Не прекращался выпуск военных врачей: в 1917 г. академию окончили 164 врача. В 1920 г. при академии созданы специальные фельдшерские курсы, подготовившие свыше 1500 средних и младших медицинских специалистов. Только в 1920 г. учеными академии было опубликовано 210 научных работ, актуальных для страны и армии.

Выпускники и сотрудники Военно-медицинской академии, обладая серьезными профессиональными знаниями и высокими деловыми качествами, систематически привлекались Наркоматом обороны для выполнения специальных заданий, в том числе за рубежом. В числе добровольцев, боровшихся против фашизма в Испании в 1936-1939 гг., было немало преподавателей ВМА и ее выпускников. Обязанности главного советника медицинской службы республиканской армии в 1937-1938 гг., выполнял И.А. Клюсс (впоследствии стал видным военно-полевым хирургом и организатором военного здравоохранения). Медицинскому обеспечению республиканских ВВС содействовал в качестве советника А.Г. Ратгауз. Работали в Испании П.М. Журавлев, впоследствии заместитель начальника ГВСУ и И.С. Колесников (один из основоположников легочной хирургии, ставший впоследствии известным ученым, Героем социалистического труда, заслуженным деятелем науки, академиком). Академия оказывала помощь медицинской службе Монгольской народной армии. И.А. Клюсс и А.А. Калинкин являлись начальниками ВСУ этой армии.

Роль Военно-медицинской академии в медицинском обеспечении боевых действий па реке Халхин-Гол в 1939 г. была значительной. Кроме большого числа выпускников ВМА и Монголию и Забайкальский военный округ была направлена большая группа сотрудников и слушателей Академии (Д.А. Энтин, Н.Н. Еланский, С.С. Гирголав, С.А. Новотельнов и другие). Армейским хирургом был ученик В.А. Оппеля М.Н. Ахутин.

Для участия в советско-финляндской войне (1939-1940 гг.) из академии на фронт выехало 678 человек: 291 слушатель 5-го курса (весь выпускной курс), 72 человека постоянного состава, 10 слушателей-добровольцев 4-го курса в качестве фельдшеров лыжных батальонов, 176 врачей КУМСа, 128 гражданских служащих.

В годы Великой Отечественной войны из стен академии было выпущено 1800 военных врачей. На полях сражений отдали свои жизни 532 воспитанника академии и 236 питомцев Военно-морской медицинской академии. В первые же дни войны на фронт были направлены две трети профессоров и преподавателей. Они возглавили 70 % медицинских служб фронтов, 61 % медицинских служб армий и должностей главных специалистов. В 1941 г. по решению правительства ВМА была эвакуирована из блокадного Ленинграда в Самарканд. В 1944 г. она реэвакуируется обратно. Часть медицинского персонала остается в блокированном городе для работы в клиниках академии в интересах Ленинградского фронта. Всего за период блокады на территорию академии немецко-фашистскими войсками было сброшено более одной тысячи авиационных бомб и артиллерийских снарядов. В Самарканде состоялось три выпуска военных врачей — в звании военврач 3-го ранга (май 1942 г.) и капитан медицинской службы (июнь 1943 г. и апрель 1944 г.). Каждый десятый врач на фронте был воспитанником академии, а непосредственно па фронте удельный вес питомцев ВМА был значительно выше. В академии созданы новые факультеты: командно-медицинский, лечебно-профилактический и подготовки старших врачей полков. Увеличен удельный вес военных и военно-медицинских кафедр, на базе клинических кафедр организуется подготовка медицинских сестер. За годы войны академия сделала 5 выпусков старших врачей полков (1800 человек) и по 3 выпуска слушателей командно-медицинского и лечебно-профилактического (220 человек).

В тяжелейшие годы войны не прекращалась научно-исследовательская работа в академии. Так 89 научных трудов были посвящены этапному лечению больных и раненых. Кафедрой патологической анатомии во главе с И.Р. Петровым была проделана научная работа во фронтовых условиях по проблемам травматического шока и острой кровопотери, результатом которой было изобретение кровозамещающей жидкости. Были награждены профессор С.С. Гирголав за разработку оригинальных методов лечения обморожений, профессор В.Н. Шевкуненко – за «Атлас периферической нервной и венозной систем». За годы войны было защищено 115 диссертаций, в том числе 43 докторских, выполнено более 720 научно-исследовательских работ военной направленности. Отечественная хирургия обогатилась фундаментальными трудами М.Н. Ахутина, С.И. Банайтиса, А.Н. Беркутова, Н.Н. Еланского, Е.И. Смирнова, И.С. Колесникова, П.А. Куприянова, В.Н.Шамова и др. Их усилиями были решены многие вопросы лечения огнестрельных ран, травм, термических поражений, нейрохирургической помощи, сердечно-сосудистой хирургии, трансфузиологии.

Мировое признание получили труды В.Н. Шевкуненко – основателя нового учения о типовой и возрастной анатомии, патолога Н.Н. Аничкова и основателя нового научного направления об эволюционной физиологии академика Л.А. Орбели. За особые заслуги в реорганизации академии и руководстве ею в годы войны Л.А. Орбели был удостоен звания Героя социалистического труда.

Среди выпускников и сотрудников академии в годы войны 5 Героев Советского Союза: Е.А. Дыскин, В.А. Миронов, С.А. Богомолов, Ф.П. Ременной, Н.И. Родин; 9 организаторов медицинской службы награждены полководческими орденами за выдающиеся заслуги в организации медицинского обеспечения при проведении крупных войсковых операций. Усилиями военных медиков было возвращено в строй 72,3 % раненых и 90,6 % больных бойцов и командиров

Военно-Медицинская академия с честью выдержала испытание военным лихолетьем и показала миру яркий образец мужества и профессионализма своих воспитанников и учителей. На фронте погиб каждый десятый выпускник ВМА.

В послевоенные годы в академии продолжается совершенствование научной, лечебной и учебной работы. Сотрудники академии внесли большой вклад в обобщение опыта работы медиков, что нашло свое отражение в 35-томном труде «Опыт советской медицины в Великой Отечественной войне». В 50-60-е годы получили мировое признание и были отмечены высокими государственными наградами труды выдающихся ученых академии: А.П. Виноградова – академика Академии наук СССР, дважды Героя Социалистического труда, внесшего огромный вклад в развитие комплекса наук о Земле, в освоение атомной энергии; П.А. Куприянова – известного хирурга, Героя Социалистического труда, лауреата Государственной премии, заслуженного деятеля науки; В.И. Воячека – основателя отечественной отоларингологии; Е.Н. Павловского – автора учения о природной очаговости заболеваний человека; Н.С. Молчанова – видного клинициста-терапевта, академика Академии медицинских наук, главного терапевта МО СССР; Н.П. Кравкова – основателя отечественной фармакологии; С.П. Федорова – хирурга широкого профиля, основателя Российского урологического общества, первым из врачей награжденного орденом Ленина (1933 г.) и многих других.

Деятельность академии и ее ученых были высоко оценены правительством и Министерством обороны. В 1954 году за заслуги в подготовке военно-медицинских кадров и развитие медицинской науки Указом Президиума Верховного Совета СССР академия была награждена орденом Ленина. В 1968 году в связи с пятидесятилетием Вооруженных Сил СССР академия удостоена ордена Красного Знамени.

Совершенствуется учебная работа в тесной связи с революцией в военном деле, оснащением всех видов Вооруженных Сил новыми видами боевой техники и оружия, создаются новые учебные планы и программы, характеризующиеся современным содержанием, более выраженной профильностью подготовки специалистов.

Велик вклад профессорско-преподавательского состава и воспитанников академии в организацию медицинского обеспечения войск 40-й армии во время войны в Афганистане, где в 1979-1989 гг. работал каждый пятый преподаватель, а всего 217 генералов и офицеров. В ходе борьбы с душманами погибли 35 офицеров-медиков. Огромным достижением военных медиков в этой войне было возвращение в строй 96,9 % раненых и 97,6 % больных. 136 воспитанников академии- участников афганской войны — награждены орденами и медалями.

Выпускники академии принимали участие в военных конфликтах – арабо-израильских войнах 60-х гг., во Вьетнаме, в Корее, на Кубе, в Сербии, помогали в становлении и развитии военно-медицинских служб в ряде стран Азии, Африки и Латинской Америки.

В первые дни после аварии на Чернобыльской АЭС клиники академии начали прием пострадавших. Особую роль сыграло участие 45 сотрудников академии в ликвидации последствий этой катастрофы. Среди героев этой страшной эпопеи был старший преподаватель кафедры военно-морской и радиационной гигиены, а впоследствии начальник кафедры военной эпидемиологии и военной гигиены Томского военно-медицинского института А.А. Салеев, за мужество и самоотверженность, проявленные при обследовании взорвавшегося блока станции, награжденный орденом «Красной Звезды». Еще 12 воспитанников академии были удостоены высоких государственных наград.

Активное участие принимали выпускники и профессорско-преподавательский состав академии при оказании помощи пострадавшим в результате катастроф в Арзамасе и Уфе, землетрясении в Армении, конфликтов в Приднестровье, Нагорном Карабахе, Абхазии и Северной Осетии. Сотни военных медиков достойно выполняли и выполняют свой священный долг в ходе борьбы с чеченскими боевиками.

Выпускник 1987 г. II-го факультета И.А. Милютин в августе 1999 г. при ликвидации бандформирования в Дагестане в критический момент возглавил руководство боем, увлек отделение стрелков в контратаку и уничтожил группу бандитов. Он неоднократно под обстрелом выносил на себе раненых бойцов и командиров. За самоотверженность и отвагу, проявленные при выполнении воинского долга И.А. Милютин удостоен звания Героя России.

Особой страницей истории академии является участие ее выпускников и профессорско-преподавательского состава в медицинском обеспечении подготовки космонавтов. Академик Л.А. Орбели сформулировал основные положения о влиянии стратосферных условий на человека и животных. За 40 лет освоения космического пространства академия направила в Центр подготовки космонавтов более 100 своих выпускников. И.А. Колосов стал первым ведущим врачом и начальником лаборатории летно-космической подготовки. Он был личным врачом первого космонавта Ю.А. Гагарина. Всеобщим уважением и любовью всего коллектива академии пользуется выпускник 1988 г. III факультета Олег Котов, который стал космонавтом № 100 и 7 апреля 2007 г. в составе международного экипажа совершил полет на корабле «Союз ТМА-10», стыковавшийся с МКС-15. За этот подвиг О. Котов удостоен звания Героя России. В январе 2009 г. он стал участником очередного полета в космос, в ходе которого совершил выход в открытый космос.

Архитектурный ансамбль академии имеет огромную историческую и культурную ценность. Из 112 капитальных зданий 25 имеют по решению ЮНЕСКО статус памятников архитектуры и находятся под охраной государства.

Строительство здания академии было начато в 1799 г. по проекту Антонио Порто (до 1803 г.) и закончено в 1809 г. под руководством А.Н. Воронихина. Стены главного зала украшены знаменитыми фресками итальянского художника Пьеро ди Анжели, им же выполнены художественное оформление купола и изображения богинь врачевания, фармации и науки в «парусах», окаймляющих купол.

На территории академии размещены памятники работы известных мастеров (А.И. Штакеншнейдера, Д.И. Иенсена, М.К. Аникушина и др.): «Военным медикам, павшим в войнах», «Курсантам и слушателям Сталинградского курса Военно-морской медицинской академии в ознаменование 30-летия Великой победы на Волге», знаменитым ученым-медикам Я.В. Виллие, Н.И. Пирогову и С.П. Боткину. Перед фасадом главного здания академии установлена бронзовая фигура богини здоровья Гигиеи. В клиниках и на кафедрах установлены бюсты И.М. Балинского, Е.И. Богдановского, Н.Н. Зинина, Н.И. Пирогова, М.М. Руднева, С.П. Федорова. На фасадах зданий клиник и кафедр укреплены 29 мраморных досок, посвященных знаменитым ученым, работавшим в академии и составляющих ее честь и славу. Имена профессоров, преподавателей, курсантов, слушателей и других сотрудников академии, не вернувшихся полей Великой Отечественной и других войн, увековечены на мемориальных досках в зале главного здания академии.

Подтверждением признания Академии как учреждения мирового значения стало присвоение звания Почетного члена Военно-Медицинской академии более 300 выдающимся ученым в области естествознания и медицины России и зарубежных стран, а также крупным государственным деятелям.

Военно-Медицинская академия стояла у истоков Академии медицинских наук, созданной в декабре 1944 г. Авторитет Военно-медицинской академии создали ее профессора, врачи и педагоги, многие из которых стали основателями знаменитых научных школ. Среди них Н.И. Пирогов, создавший школу военно-полевых хирургов, С.П. Боткин – основатель школы военно-полевых терапевтов, И.М. Сеченов и И.П. Павлов основали школу русских физиологов, И.М. Аринкин основал школу гематологии, Е.Н. Павловский – школу паразитологов и инфекционистов, Н.П. Симановский – школу отоларингологии, биофизики – В.В. Петров (первый российский электротехник), В.М. Бехтерев – неврологии и психоневрологии, К.М. Фигурнов – военных гинекологов, В.А. Хилько – нейрохирургии.

Указом Президента Российской Федерации от 17 декабря 1998 года №1595 академия включена в Государственный свод особо ценных объектов культурного наследия народов Российской Федерации.