1 августа 1808 года первым президентом Императорской медико-хирургической академии назначен Яков Виллие (Джеймс Уэйли) – действительный тайный советник, баронет и сир, лейб-медик, доктор медицины и хирургии, почетный член Петербургской академии наук и медико-хирургической академии.
Более 30 лет Виллие возглавлял ИМХА, совмещая этот пост с должностью Главного военного медицинского инспектора Российской армии. Именно он определял магистральные пути развития военной медицины России как до войны 1812 года, так и во время военных действий.
Виллие был главным среди лейб-медиков Александра I в течение многих лет. Практикующий хирург, он был искусным врачом. В истории остались факты его операций: он успешно удалил пулю из поясничного позвонка адъютанту генералиссимуса Суворова, вскрыл заглоточный абсцесс графу Кутайсову, оперировал в сражении под Кульмом маркиза Лондондерри и маршала Вандома, под Лейпцигом — фельдмаршала Радецкого, под Ганау — фельдмаршала Вреде. В Бородинском сражении Виллие пытался спасти генерала Багратиона, получившего тяжелое ранение в ногу. Он лечил в заграничном походе князя Кутузова и был с генералиссимусом до последних минут. Для своего времени Виллие хорошо знал анатомию, уверенно рекомендовал перевязку крупных артерий, полагаясь на коллатеральную сеть, что смущало известных тогда хирургов. Виллие описал 33 операции и различные хирургические наборы («Краткие наставления о важнейших хирургических операциях»). По его указанию начал издаваться «Военно-медицинский журнал».
Для русского здравоохранения он во многом был первопроходцем. Например, по некоторым данным, именно он первым ввел в нашей медицинской практике обязательное заполнение амбулаторных карт больных — «скорбных листов», что имело не меньшее значение, чем введение Мудровым в практику русской стационарной медицины историй болезни.
На посту президента медико-хирургической академии Яковом Виллие разработал новый устав, который поставил Медико-хирургическую академию на один уровень с университетом. Особое внимание Виллие уделял тщательному подбору преподавателей и руководителей кафедр, отдавая предпочтение русским врачам. На эти должности отбирались лучшие ученые, имеющие большой опыт, научные успехи, умеющие руководить молодыми кадрами. Преподавание всех дисциплин проходило на русском языке. В связи с нехваткой учебников Виллие поставил задачу срочно заняться переводами иностранных и составлением отечественных пособий.
В 1852 году Виллие составил завещание, по которому все его движимое и недвижимое имущество должно было быть продано и к этой сумме добавлен капитал, находящийся в банке. Всю полученную сумму необходимо было использовать для постройки и оснащения больницы. В 1872 году по проекту архитектора Соколова на пересечении Боткинской улицы и Большого Сампсониевского проспекта было построено здание Михайловской клинической больницы баронета Виллие. В 1873 г. в больницу были переведены некоторые клиники Медико-хирургической академии. Это здание стало главным памятником патриоту России — Якову Васильевичу Виллие.