Факультет был организован в самое сложное время-в годы Великой Отечественной войны, когда академия была эвакуирована из блокадного Ленинграда в Самарканд.
В эвакуации академия ни на один день не прекращала свою работу, занимаясь не только обучением военных врачей, но и большой научной работой. В Самарканде состоялось три выпуска военных врачей — в звании военврач 3-го ранга (май 1942 г.) и капитан медицинской службы (июнь 1943 г. и апрель 1944 г.). Каждый десятый медик на фронтах был выпускником Военно-медицинской академии, многие из наших врачей возглавляли медицинские подразделения на всех уровнях оказания медицинской помощи.
Исходя из запросов военного времени, в академии создаются новые факультеты: командно-медицинский, лечебно-профилактический и подготовки старших врачей полков. Увеличен удельный вес военных и военно-медицинских кафедр, на базе клинических кафедр организуется подготовка медицинских сестер. За годы войны академия сделала 5 выпусков старших врачей полков (1800 человек) и по 3 выпуска слушателей командно-медицинского и лечебно-профилактического (220 человек).
В настоящее время факультет руководящего медицинского состава занимается послевузовской профессиональной подготовкой офицеров медицинской службы для органов управления, военно-медицинских учреждений, высших учебных заведений и научно-исследовательских организаций медицинской службы Вооруженных Сил Российской Федерации по двум уровням подготовки:
— офицеры с высшей военной оперативно-тактической подготовкой, специалисты в области управления и организации медицинского обеспечения войск (сил);
— врачи-специалисты для лечебной и профилактической работы в военно-медицинских частях и учреждениях.
Качественной подготовке выпускников способствует участие слушателей в ежегодных тактико-специальных учениях «ОЧАГ», итоговых командно-штабных военно-медицинских учениях, развертывании полевых военно-медицинских учреждений в учебном центре ВМедА, стажировка в органах управления медицинской службой, практическая работа в клиниках академии. Офицеры-слушатели факультета оттачивают свое профессиональное мастерство в служебных командировках в зону специальной военной операции.
На факультете большое внимание уделяется научной деятельности. Слушатели принимают активное участие во всероссийских и международных научно-практических конференциях, представляют свои работы в профессиональных конкурсах. Ежегодно слушатели факультета успешно защищают диссертации и получают ученую степень кандидата медицинских наук. Выпускники факультета традиционно занимают руководящие посты в медицинской службе Вооруженных сил, медицинских службах родов войск и военных округов.