За все время существования академии впервые этим званием был награжден высший иерарх Русской Православной Церкви
9 июля 1999 года Патриарх Московский и всея Руси Алексий II прибыл с визитом в Санкт-Петербург и в этот же день посетил Военно-медицинскую академию, где состоялась церемония вручения Святейшему диплома, медали и мантии «Почетного доктора Российской Военно-медицинской академии».
В этот день состоялось расширенное заседание Ученого совета, на котором присутствовали митрополит Санкт-Петербургский и Ладожский Владимир, епископ Тихвинский Константин, духовенство Санкт-Петербургской епархии, профессора и преподаватели, а также курсанты академии.
С приветственным словом к Патриарху обратился министр здравоохранения РФ, начальник ВМедА Юрий Шевченко, который сообщил о решении ученого совета ВМедА от 1 марта 1999 года о присвоении патриарху Московскому и всея Руси Алексию II звания Почетного доктора за «особый вклад в возрождение России, духовное воспитание российского воинства и врачевание душ соотечественников». После церемонии награждения Юрий Шевченко поблагодарил предстоятеля РПЦ за оказанную честь принять звание Почетного доктора и отметил, что впервые за 200 лет существования академии этим званием награждается высший иерарх Русской Православной Церкви.
