Начальник канцелярии Министерства императорского двора генерал А. А. Мосолов вспоминал, что Боткин был известен своею сдержанностью. «Никому из свиты никогда не удалось узнать от него, чем была больна государыня и какому лечению следуют царица и наследник. Он был, безусловно, преданный Их Величествам слуга.» В Военно-медицинской академии чтят память Евгения Сергеевича Боткина, который выполнил свой врачебный долг сполна-до конца остался со своими пациентами-членами императорской семьи и был расстрелян вместе с Романовыми в Екатеринбурге. В честь Е.С.Боткина , канонизированного Русской православной церковью, в академии будет построен храм. В честь святого страстотерпца названа часовня, которая расположена в храме Петра и Павла.