24 января 1846 года состоялась высочайшая резолюция: «Учредить при Медико-хирургической академии в виде опыта на 5 лет практическо-анатомическое отделение (или институт)

Управляющим анатомическими работами (в виде директора) этим же документом предлагалось назначить Н.И.Пирогова.

Одним из условий перехода Николая Ивановича Пирогова в Медико-хирургическую академию из Дерптского Университета была возможность организовать преподавание хирургии не только у постели больного, но и в тесной связи с прикладной анатомией в собственном анатомическом театре при кафедре госпитальной хирургии. Такая кафедра была создана по его проекту в 1841 г. Еще раньше в предисловии к своей «Хирургической анатомии артериальных стволов и фасций» он писал: «Я всегда думал только – и до сих пор еще остаюсь при этом мнении, – что хирург должен заниматься анатомией не так, как анатом, что кафедра хирургической анатомии должна принадлежать не профессору анатомии, но профессору хирургии…» В 1846 году Пироговым создается первый не только в России, но и в Европе институт практической анатомии. В стенах института хирургическая (топографическая) анатомия приобрела новые методы исследования, а оперативная хирургия получила прочную анатомо-физиологическую основу и тем самым стала образовываться органическая связь между названными предметами. Таким образом, с приходом Пирогова в Медико-хирургическую академию преподавание прикладной (хирургической, позже – топографической) анатомии навсегда перешло от анатомов в руки хирургов.