26 января 1857 года Медико-хирургическая академия была непосредственно подчинена Военному министру и Военному Совету

Это решение было напрямую связано с избранием на пост президента МХА Петра Александровича Дубовицкого. До сих пор взаимоотношения с Военным министерством осуществлялись через попечителей академии из числа военных. С момента своего основания по 1804 г. Медико-хирургическая академия находилась в ведении Медицинской коллегии, не имела устава, ее деятельность регламентировалась временной инструкцией. Академия управлялась Ученым советом. В 1810 г. Академию подчинили Министерству духовных дел и народного просвещения, а через 12 лет перевели в ведение Министерства внутренних дел. Яков Васильевич Виллие, который занимал пост президента Академии в течении 30 лет стремился приспособить систему преподавания в МХА к нуждам армии. Во время Крымской войны 1853-1856 гг. Академия ежегодно производила досрочные выпуски, сократив срок обучения. На театре военных действий, особенно в Крыму, работало немало выпускников МХА и ее сотрудников. После начала реформ Александра Второго в 1856 году военный министр П. Сухозанет имел намерение передать Медико-хирургическую академию в ведение Министерства народного просвещения, однако запросил мнение Ученого совета. Члены Ученого совета решили, что в интересах дальнейшего развития МХА она должна остаться в ведении Военного ведомства, ибо только с 1838 г., после перехода в это ведомство академия вступила на путь постепенного развития и разнообразных улучшений. Дубовицкий, принимая пост президента МХА, оговорил ряд условий: Академия остается в ведении Военного министерства; президент подчиняется непосредственно военному министру; пересматривается устав Академии; ремонтно-строительные работы в МХА передаются в ведение инженерного департамента Военного министерства и др. Исследователи истории МХА-ВМА называют время управления Дубовицкого Академией «золотым веком».