Но вмешалась афганская война. В январе 1980 года майор Зубарев был назначен на должность главного хирурга 40-й армии в составе ограниченного контингента Советских войск в Афганистане. Именно в этот период, наряду с другими качествами, проявились его незаурядные организаторские способности. В первые месяцы войны приходилось в боевых условиях не только проводить сложнейшие оперативные вмешательства, но и организовывать всю систему оказания хирургической помощи 40-й армии. По его инициативе и непосредственном участии, в Кабуле была проведена Первая научно-практическая конференция хирургов 40-й армии, по результатам которой были оперативно выпущены первые методические пособия по лечению раневого перитонита, ранений магистральных кровеносных сосудов, хирургических осложнений брюшного тифа и другие. Кроме того, эта конференция явилась мощным стимулом к научному осмыслению боевого опыта, а многие хирурги начали заниматься научной работой, что в последующем вылилось в написании кандидатских и докторских диссертаций, в том числе под руководством Петра Николаевича Зубарева.
А кроме огромного хирургического опыта за время афганской командировки Петр Николаевич приобрел большое количество друзей среди коллег и военных, тесная дружба с которыми связывала его всю жизнь. За два года службы главным хирургом 40-й армии Петру Николаевичу было присвоено звание «Заслуженный врач Узбекской ССР», а в январе 1982 года он был награжден орденом Красной Звезды. Обобщение научного и практического материала, собранного при оказании помощи раненым в Афганистане вылилось в докторскую диссертацию, которая с успехом была защищена 1986 году.